1841年, 托马斯·里德尔受苏格兰长老会委托携带维多利亚女皇的皇家特许来到京士顿创立Queen's College, 这就是皇后大学的前身。在此之前，苏格兰长老会已为在上加拿大建立一所学院游说了多年。1847年3月7日，大学在城市边沿的一个小木屋里正式开课了，只有两个教授和13个学生。最初的11年里，大学没有固定的校舍，直到教学楼Summerhill的修建（至今仍矗立在校园的中心）。大学的经济来源主要依靠苏格兰长老会，加拿大政府和私人捐款。由于1867-1868年的经济危机，银行破产，大学损失了三分之二的经费，与此同时，加拿大政府也停止了资助。多亏了校长斯诺格拉斯和其他校董在全加拿大的一次紧急募捐，学校被挽救了。此后一直到1880年，学校里还有建议并入多伦多大学以免遭破产的声音。不过由于皇后大学的领导人的坚定信念，最终没有成行。1854年，皇大成立了医学院。1861年，大学接管了京士顿的天文观测台。1869年，皇大招收了第一个女生。到了19世纪70年代，在校学生的人数已从15增加到100多。加拿大皇后大学学校声誉皇后大学的MBA过去五年来四次被“加拿大商业杂志”评为第一发展势头十分强劲,有人把它称作“加拿大的普林斯顿”。根据商学院系主任MARGOT NORTHEY的策略，皇后大学商学院的目标是：“尤其致力于吸引在通讯、生物技术上有造诣者，为已是科学的领导者补充商业技巧。”美国的“商业周刊”将皇后大学的EMBA及非学位培训项目排名为世界上最好的项目之列，英国的“经融时报”称皇后大学是在工程教育领域第一个采用“综合学习模式”、第一个设生物医学计算项目的学校。. 加拿大许多知名人士是该校校友，由于校友的慷慨资助，加上该校因杰出科研工作而吸引到许多资助，学校于1994年在英国设立了“国际研究中心”，该中心规模庞大，包括了前皇家格林威治天文台，还可以为该校学生及世界各大学的学生提供以欧洲研究为中心的各项课程。