蒙彼利埃大學是歐洲中世紀最古老的大學之一，1137年，這裡創辦了歐洲第一所醫學院，不久，又成立法學院和文學院。

1968年5月在法國巴黎所爆發的社會運動“五月風暴”迅速席捲全國，導致法國大學紛紛解體重組。 1970年大學分為蒙彼利埃第一大學、第二大學和第三大學。

蒙彼利埃二大早在1964年以前已擁有146000平方米的校園面積, 蒙彼利埃大學一分為三後，蒙彼利埃二大又不斷地擴建。 2010年蒙彼利埃二大技術學院佔地面積30700平方米,里姆技術院校佔地面積23700平方米，2008年又在蒙彼利埃近郊貝濟耶和賽特新建了技術學院大樓，這是一個為工程師學院專用的校園。作為在歐洲植物學研究領域享有盛名的蒙彼利埃二大至今保留著1889年成立的植物學院，它座落在蒙彼利埃市的植物園裡。蒙彼利埃第二大學現有1所工程師學院,2所大學技術學院,750名教育人員,350名研究人員和1000名工程師、技術人員、管理人員和服務工人 。它每年都吸收眾多來自全世界各地的學者、科研人員和外國留學生，同時，該校與歐洲南部國家和地中海國家也有緊密的聯繫，並且在許多研究領域都扮演著領導者的角色