台北醫學院建於1960年，由台灣名醫胡水旺及新光企業集團前首腦吳火獅等籌資創辦。設有醫學、牙醫、藥學等系，連同夜間部共7個學系，1個研究所。學生3000餘人，院址在台北市。該學院學生修業年限，除牙醫系及醫學係為6—7年外，其餘均為4年。附設教學醫院一所，畢業生近萬人。 1999年更名為台北醫學大學，醫學系成為現在的台北醫學大學醫學院。

醫學院2009年8月之目前共包含三個學系及四個研究所，其成立時間及名稱分別為：醫學系(1960年)、醫學檢驗暨生物技術學系(1975年)、醫務管理學系(1997年)及呼吸治療學系(2001年)；醫學研究所(1990年)、細胞及分子生物研究所(1994年)、醫學檢驗暨生物技術研究所(1998年)、醫學資訊研究所(1998年)、醫務管理研究所(2000年)、藥理學研究所(2002年)及醫學人文研究所(2003年)。醫學研究所、細胞及分子生物研究所設有博士班，是該校提升醫學教育之主力。這些系所負擔基礎醫學、臨床醫學及應用醫學範疇之教學、研究及支援服務之任務。此外，神經科學研究所博士班在2005年成立，以訓練更多神經醫學之專業人才。為求取學院內資源整合、建立老師間更多研究合作管道、讓學生在研究領域上有更多選擇機會，乃於2007年將醫學研究所基礎組，細胞及分子生物研究所、藥理學研究所、醫學檢驗暨生物技術研究所碩士班及神經科學研究所整併成為醫學科學研究所。目前醫學科學研究所總共分成5組，微生物暨免疫組、分子藥理組、生物化學暨細胞分子生物組、細胞生理暨神經科學組、醫學檢驗暨生物技術組。 2009年8月醫務管理學系及研究所轉歸屬於公共衛生暨營養學院。本學院目前總共有近二千位大學部學生，四百二十位研究生，專、兼任教師及臨床教員人數六百多人，佔整個台北醫學大學師資的約三分之二及學生人數的約百分之四十，堪稱全校最大的學院。台北醫學大學正在快速擴充及更新，該校醫學綜合大樓之10,018m2供本學院使用，另配合已經完成更新之解剖大樓及實驗大樓等，將擁有全新完整的實驗及教學空間。